클린사이트는 지정을 원하는 사이트가 신청을 하면 해당 사이트를 심사 평가한 후 평가 기준에 따른 점수를 산정해 일정 점수 이상을 득하면 지정하는 형태로 운영된다.

　우선 지정을 원하는 사이트는 신청서를 작성해 제출해야 한다. 신청서에는 신분 확인 서류와 기술 조치 설명서(특수한 유형의 OSP인 경우) 및 사이트 주소, 저작권 인력 유무 증명 자료, 홍보 공간 제공 의사 확인, 6개월 이내 저작권 보호 활동 내역 등을 첨부해야 한다. 신청 방법은 인터넷과 우편 모두 가능....